Bangunan Benteng Pendem merupakan bangunan kuno pada masa kolonial Belanda, hal ini terlihat pada dokumen Peta Bangunan Benteng terdapat tulisan yang berbunyi KUSBATTERIJ OP DE LANTONG TE TJILATJAP yang di bangun pada tahun 1861 – 1879 dengan menggunakan bahan baku yang dominan memakai Bata Merah tak nampak konstruksi beton bertulang. Pada setiap ruangan dan pintu berbentuk lengkung serta tidak banyak variasi. Di atas bangunan sebagian besar di timbun tanah dan di tumbuhi tanaman perdu hingga secara utuh tidak nampak bangunan Benteng Pertahanan di ujung Pantai Cilacap bila dilihat dari Kejauhan.
Benteng Pendem terletak di bagian tenggara kota Cilacap, ujung Timur Pantai Teluk Penyu di wilayah Kelurahan Cilacap. Di sekitar Benteng Pendem bagian Selatan adalah Samudra Indonesia, Selatan Selat Nusakambangan ( pintu masuknya kapal ke / dari Pelabuhan Alam Tanjung Intan ), sebalah Barat Kantor Pertamina Area 70, sebelah Utara tangki – tangki penampungan bahan minyak mentah Pertamina UP IV Cilacap yang berada di Area 70.